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在中國醫(yī)學科學院2019年度中國醫(yī)院科技量值（STEM）綜合排名中連續(xù)第7年位列全國第一；在復旦大學中國最佳醫(yī)院排行榜上，科研得分連續(xù)11年名列全國第一；在Nature INDEX排行榜上，名列全球第26位，中國第一位；臨床醫(yī)學ESI排名進入全球前1‰。

有中國科學院院士1人、973首席科學家3人、國家杰出青年科學基金獲得者13人；52人擔任國家級學會/協(xié)會主委、副主委，268人擔任省級學會/協(xié)會主委、副主委。

醫(yī)院現(xiàn)有包括生物治療國家重點實驗室、2011生物治療協(xié)同創(chuàng)新中心、轉化醫(yī)學國家重大科技基礎設施、國家老年疾病臨床醫(yī)學研究中心在內的國家及省部級研究平臺及重點實驗室21個、基礎研究室38個、臨床研究所/室21個、科研支撐機構及公共服務平臺7個；有中國循證醫(yī)學中心，國家新藥、中藥安全性評價中心（GLP），國家藥品臨床研究基地（西藥和中藥GCP），國家新藥藥效評價中心，國家化妝品安全性和功效性檢驗機構等。

近五年來，獲得國家自然科學基金、科技重大專項、973、863、科技支撐等國家計劃項目近千項，年均科研項目經費超過二億元；獲包括國家自然科學獎二等獎在內的各級政府科技獎80余項；專利申請及授權數(shù)在全國醫(yī)療機構中連續(xù)11年排名第一；發(fā)表科技論文在全國醫(yī)療機構中長期名列前茅，被SCI收錄的論文數(shù)在全國醫(yī)療機構中連續(xù)13年排名第一，“表現(xiàn)不俗”論文數(shù)連續(xù)10年排名第一。目前，華西醫(yī)院已逐步形成了一條專業(yè)從事醫(yī)藥成果轉化的華西轉化醫(yī)學研究鏈。與此同時，醫(yī)院依托國家重點實驗室、各開放實驗室、公共技術平臺、國家GLP中心、國家GCP基地、國家靈長類實驗動物基地、國家新藥藥效評價中心等平臺，構建了從原始研發(fā)到生產流通的新藥創(chuàng)制的創(chuàng)新產業(yè)服務鏈。