國家重點學科7個：呼吸系病學、普通外科學、外科學（胸心外科）、外科學（骨科）、內(nèi)科學（消化系?。⒛[瘤學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學。
國家重點（培育）學科2個：精神病與精神衛(wèi)生學、麻醉學。
內(nèi)科學（呼吸系?。?/b>2002年獲批教育部國家重點學科，2012年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？疲搶W科以慢性阻塞性肺疾病與哮喘、肺癌、睡眠呼吸障礙發(fā)病機制及防治研究以及呼吸治療領域為特色，是我國西南地區(qū)最早的碩士、博士點和博士后流動站。學科帶頭人李為民教授在肺癌防治領域、文富強教授和劉春濤教授在慢性氣道炎癥領域、梁宗安教授在呼吸治療與呼吸道傳染性疾病領域、唐向東教授在睡眠呼吸領域做出了突出貢獻。
外科學（普外科）2002年獲批教育部國家重點學科，被列入國家“211工程”重點學科建設項目，2012年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科，曾獲國家科技進步二等獎，四川省科技進步一等獎等獎勵，具有特色優(yōu)勢的研究方向：活體肝移植、肝包蟲病自體肝移植等，在國際率先開展尸肝+活體合成肝移植，學術帶頭人嚴律南教授；急性重癥胰腺炎的中西醫(yī)結(jié)合治療研究，首創(chuàng)了SAP整合一體化診療新模式，達國際先進水平，學術帶頭人張肇達教授；直腸癌區(qū)域微轉(zhuǎn)移與微創(chuàng)保肛術式的研究，制定了我國第一個微創(chuàng)外科結(jié)直腸腫瘤規(guī)范化手術標準，學術帶頭人周總光教授。在傳統(tǒng)優(yōu)勢基礎上，大力推進微創(chuàng)化和快速康復新模式，開創(chuàng)了腹腔鏡微創(chuàng)供肝切取、聯(lián)合血管重建的腹腔鏡胰十二指腸切除、達芬奇機器人輔助肝門膽管癌根治合并胰腺頭切除術等國內(nèi)外領先手術。
外科學（心臟及大血管外科） 2007年獲批教育部國家重點學科，2011年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科。該學科在嬰幼兒及成人復雜心臟及大血管疾病、微創(chuàng)外科治療和研究方面取得突出成績。成功開展了心臟移植、風心病各種瓣膜置換、大血管疾病腔內(nèi)治療、經(jīng)心尖穿刺微創(chuàng)主動脈瓣膜置換（TAVR）等數(shù)十種國際領先的醫(yī)療技術，多種術式為國際首創(chuàng)。石應康教授曾任中華醫(yī)師協(xié)會副會長，中華醫(yī)學會副會長，中華醫(yī)學會胸心血管外科學分會主任委員。
外科學（胸外科）由我國著名胸心外科專家楊振華教授創(chuàng)建于1954年，1978年成為碩士學位授權(quán)點、1994年獲批博士學位授權(quán)點、2007年獲批教育部國家重點學科、2013年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科，該學科在肺、食管、縱隔疾病及胸部創(chuàng)傷的外科、微創(chuàng)外科治療和研究方面取得突出成績。率先在國內(nèi)開展全腔鏡肺癌切除術，首創(chuàng)單向式胸腔鏡肺癌切除術、無抓持整塊縱隔淋巴結(jié)清掃術、胸腔鏡吸引-側(cè)壓止血術等多項微創(chuàng)肺外科新技術，顯示創(chuàng)新手術方式可以提高肺癌患者生存預后，并在全球率先開展和報道了胸腔鏡支氣管肺動脈雙袖式成形中央型肺癌切除術，此外還開發(fā)了食管胃分層吻合技術，上述多項技術在國內(nèi)被廣泛應用；該學科還成功開展了肺移植、肺癌及縱隔腫瘤患者上腔靜脈置換+部分心房切除、充氣縱隔鏡食管癌切除術等數(shù)十種國際領先的醫(yī)療技術。學科帶頭人劉倫旭教授任中國醫(yī)師協(xié)會胸外科醫(yī)師分會副會長、中華醫(yī)學會胸心血管外科學分會副主任委員、英國皇家外科學院fellow（FRCS)、美國胸外科學會會士、歐洲胸外科協(xié)會理事會委員等；陳龍奇教授任國際食管疾病學會執(zhí)行委員，并參與制訂了國際食管癌TNM分期第七版及第八版。
外科學（骨科） 2007年獲批教育部國家重點學科，2010年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？啤?018年（2017年度）中國醫(yī)院科技量值排名第四。骨科附設中國西部關節(jié)重建外科中心、西部關節(jié)病診治中心、西部脊柱外科中心、西部創(chuàng)傷骨科中心與西部骨與軟組織腫瘤診治中心。該學科在臨床醫(yī)療中分6個亞專業(yè)方向，包括：關節(jié)外科、脊柱外科、創(chuàng)傷骨科、運動醫(yī)學、骨腫瘤和足踝外科。在中華醫(yī)學會骨科分會、中國醫(yī)師協(xié)會骨科醫(yī)師分會、中華醫(yī)學會運動醫(yī)學分會、中華護理學會分別擔任主任委員、副主任委員、常委等職務。在骨科手術加速康復、復雜髖膝關節(jié)置換與翻修、頸椎間盤置換、脊柱畸形矯正、復雜創(chuàng)傷急救與功能重建、骨腫瘤保肢及個性化定制假體、膝關節(jié)脫位重建、復雜足踝創(chuàng)傷與畸形矯正、骨與肌腱組織工程、神經(jīng)損傷修復、脊髓損傷修復、骨質(zhì)疏松防治等研究領域取得了一批具有國際、國內(nèi)先進水平的基礎與臨床研究成果。獲教育部科技進步一等獎、衛(wèi)生部科技進步三等獎，省科技進步一、二、三等獎十余項。
內(nèi)科學（消化系?。?/b> 2007年獲批教育部國家重點學科，2010年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？?。本學科位居2018年度中國醫(yī)院科技量值排名第三。在消化系疾病的臨床診治、基礎和臨床研究均處于國內(nèi)先進水平，所屬的消化內(nèi)鏡中心為衛(wèi)生部指定的全國培訓基地。消化內(nèi)鏡、消化介入技術達國際先進水平。
腫瘤學 2007年獲批教育部國家重點學科，2013年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科。經(jīng)過50多年的發(fā)展，已成為國內(nèi)一流的腫瘤診療中心，包括頭頸乳腺腫瘤科、胸部腫瘤科、腹部腫瘤科、放療科（含放射物理技術中心）、生物治療科，集合化療、放療、生物免疫治療和介入治療等多學科綜合手段服務病人。學科依托生物治療國家重點實驗室，致力于腫瘤的基礎、轉(zhuǎn)化以及臨床的研究。
影像醫(yī)學與核醫(yī)學 2007年獲批教育部國家重點學科，2013年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？疲搶W科覆蓋的放射科是國內(nèi)最主要的影像醫(yī)學專業(yè)人才培養(yǎng)基地之一，在臨床精神影像的研究與應用方面處于國際引領地位。代表性工作“磁共振影像學分析及其對重大精神疾病腦機制的研究”、“精神影像技術的基礎與臨床應用研究”和 “精神影像學的臨床基礎與應用研究”分別獲國家自然科學獎二等獎（2015）、中華醫(yī)學科技獎一等獎（2017）和華夏醫(yī)學科技獎（2018）。核醫(yī)學科我國最早的核醫(yī)學專科之一，主張并致力于核醫(yī)學技術的臨床檢查和治療實踐，學科帶頭人譚天秩教授、匡安仁教授先后任中華醫(yī)學會核醫(yī)學分會主任委員；在核素治療的基礎與臨床研究方面全國領先，在甲亢、甲癌和骨腫瘤的核素治療獨具特色，所建立的一整套療效極佳的治療方案已載入衛(wèi)生部頒布的“核醫(yī)學臨床技術操作規(guī)范”在全國施行。超聲科擁有世界先進的超聲診斷設備，超聲醫(yī)療水平處于國內(nèi)先進水平；教育方面構(gòu)建了國際上最全面的超聲教育體系，包括超聲臨床專業(yè)研究生培養(yǎng)、超聲技師的本科及研究生教育、超聲住院醫(yī)師培訓、超聲技師規(guī)范化培訓、超聲醫(yī)學繼續(xù)教育，率先在國內(nèi)實踐和推行超聲醫(yī)技一體工作模式；超聲的臨床和基礎研究方面部分領域處于國內(nèi)先進水平。此外，協(xié)同麻醉科開展的可視化麻醉處于世界先進水平。
精神病學 2007年獲批教育部國家重點學科，2011年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科。該學科是我國精神醫(yī)學發(fā)源地之一，經(jīng)過幾代人的不懈努力，奠定了華西精神醫(yī)學在國內(nèi)領先的學術地位，以一流的醫(yī)療質(zhì)量和學科聲譽享譽國內(nèi)外。在全國率先建立精神障礙病房全開放模式和醫(yī)療-心理雙軌制三級查房模式，首創(chuàng)綜合醫(yī)院非精神?？苹颊呔裥l(wèi)生服務“陽光醫(yī)院”模式。劉昌永教授曾主編我國第一部統(tǒng)編教材《精神病學》（第1、2版），劉協(xié)和教授因?qū)ξ覈毒裥l(wèi)生法》的杰出貢獻獲2013年中國年度法治人物。
麻醉學 麻醉科于1978年正式成立。2007年獲批教育部國家重點學科，2010年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科，是當代中國住院醫(yī)師規(guī)范化培訓制度的發(fā)源地。該學科醫(yī)療水平世界領先，麻醉意外死亡率小于1/30萬。引領中國可視化麻醉的發(fā)展，在世界創(chuàng)新多項可視化麻醉技術?？蒲蟹矫妫搶W科牽頭開展的“吸入式麻醉的研究”獲得2004年國家科技進步獎二等獎；研發(fā)麻醉新藥的化合物專利約占全國的1/5，并獲得國家科技重大專項“重大新藥創(chuàng)制”自設立以來第一個“神經(jīng)精神類藥物重大新藥創(chuàng)制”。2018年，"老年圍術期風險分級及差異化管理技術方案研究"獲科技部國家重點研發(fā)計劃資助。華西圍手術期輸血評分的研究在節(jié)約圍術期臨床用血方面取得重大突破；在老年腦電監(jiān)測和近遠期死亡率、麻醉方式對心臟手術患者預后影響的全國多中心研究正在進行中。學科聲譽和綜合實力在中國醫(yī)院最佳專科排行榜連續(xù)9年名列全國第一。
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