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外科學(xué)（普外科）2002年獲批教育部國家重點學(xué)科，被列入國家“211工程”重點學(xué)科建設(shè)項目，2012年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？?，曾獲國家科技進(jìn)步二等獎，四川省科技進(jìn)步一等獎等獎勵，具有特色優(yōu)勢的研究方向：活體肝移植、肝包蟲病自體肝移植等，在國際率先開展尸肝+活體合成肝移植，學(xué)術(shù)帶頭人嚴(yán)律南教授；急性重癥胰腺炎的中西醫(yī)結(jié)合治療研究，首創(chuàng)了SAP整合一體化診療新模式，達(dá)國際先進(jìn)水平，學(xué)術(shù)帶頭人張肇達(dá)教授；直腸癌區(qū)域微轉(zhuǎn)移與微創(chuàng)保肛術(shù)式的研究，制定了我國第一個微創(chuàng)外科結(jié)直腸腫瘤規(guī)范化手術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，學(xué)術(shù)帶頭人周總光教授。在傳統(tǒng)優(yōu)勢基礎(chǔ)上，大力推進(jìn)微創(chuàng)化和快速康復(fù)新模式，開創(chuàng)了腹腔鏡微創(chuàng)供肝切取、聯(lián)合血管重建的腹腔鏡胰十二指腸切除、達(dá)芬奇機器人輔助肝門膽管癌根治合并胰腺頭切除術(shù)等國內(nèi)外領(lǐng)先手術(shù)。

外科學(xué)（心臟及大血管外科） 2007年獲批教育部國家重點學(xué)科，2011年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？?。該學(xué)科在嬰幼兒及成人復(fù)雜心臟及大血管疾病、微創(chuàng)外科治療和研究方面取得突出成績。成功開展了心臟移植、風(fēng)心病各種瓣膜置換、大血管疾病腔內(nèi)治療、經(jīng)心尖穿刺微創(chuàng)主動脈瓣膜置換（TAVR）等數(shù)十種國際領(lǐng)先的醫(yī)療技術(shù)，多種術(shù)式為國際首創(chuàng)。石應(yīng)康教授曾任中華醫(yī)師協(xié)會副會長，中華醫(yī)學(xué)會副會長，中華醫(yī)學(xué)會胸心血管外科學(xué)分會主任委員。

外科學(xué)（胸外科）由我國著名胸心外科專家楊振華教授創(chuàng)建于1954年，1978年成為碩士學(xué)位授權(quán)點、1994年獲批博士學(xué)位授權(quán)點、2007年獲批教育部國家重點學(xué)科、2013年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點專科，該學(xué)科在肺、食管、縱隔疾病及胸部創(chuàng)傷的外科、微創(chuàng)外科治療和研究方面取得突出成績。率先在國內(nèi)開展全腔鏡肺癌切除術(shù)，首創(chuàng)單向式胸腔鏡肺癌切除術(shù)、無抓持整塊縱隔淋巴結(jié)清掃術(shù)、胸腔鏡吸引-側(cè)壓止血術(shù)等多項微創(chuàng)肺外科新技術(shù)，顯示創(chuàng)新手術(shù)方式可以提高肺癌患者生存預(yù)后，并在全球率先開展和報道了胸腔鏡支氣管肺動脈雙袖式成形中央型肺癌切除術(shù)，此外還開發(fā)了食管胃分層吻合技術(shù)，上述多項技術(shù)在國內(nèi)被廣泛應(yīng)用；該學(xué)科還成功開展了肺移植、肺癌及縱隔腫瘤患者上腔靜脈置換+部分心房切除、充氣縱隔鏡食管癌切除術(shù)等數(shù)十種國際領(lǐng)先的醫(yī)療技術(shù)。學(xué)科帶頭人劉倫旭教授任中國醫(yī)師協(xié)會胸外科醫(yī)師分會副會長、中華醫(yī)學(xué)會胸心血管外科學(xué)分會副主任委員、英國皇家外科學(xué)院fellow（FRCS)、美國胸外科學(xué)會會士、歐洲胸外科協(xié)會理事會委員等；陳龍奇教授任國際食管疾病學(xué)會執(zhí)行委員，并參與制訂了國際食管癌TNM分期第七版及第八版。

外科學(xué)（骨科） 2007年獲批教育部國家重點學(xué)科，2010年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？?。2018年（2017年度）中國醫(yī)院科技量值排名第四。骨科附設(shè)中國西部關(guān)節(jié)重建外科中心、西部關(guān)節(jié)病診治中心、西部脊柱外科中心、西部創(chuàng)傷骨科中心與西部骨與軟組織腫瘤診治中心。該學(xué)科在臨床醫(yī)療中分6個亞專業(yè)方向，包括：關(guān)節(jié)外科、脊柱外科、創(chuàng)傷骨科、運動醫(yī)學(xué)、骨腫瘤和足踝外科。在中華醫(yī)學(xué)會骨科分會、中國醫(yī)師協(xié)會骨科醫(yī)師分會、中華醫(yī)學(xué)會運動醫(yī)學(xué)分會、中華護(hù)理學(xué)會分別擔(dān)任主任委員、副主任委員、常委等職務(wù)。在骨科手術(shù)加速康復(fù)、復(fù)雜髖膝關(guān)節(jié)置換與翻修、頸椎間盤置換、脊柱畸形矯正、復(fù)雜創(chuàng)傷急救與功能重建、骨腫瘤保肢及個性化定制假體、膝關(guān)節(jié)脫位重建、復(fù)雜足踝創(chuàng)傷與畸形矯正、骨與肌腱組織工程、神經(jīng)損傷修復(fù)、脊髓損傷修復(fù)、骨質(zhì)疏松防治等研究領(lǐng)域取得了一批具有國際、國內(nèi)先進(jìn)水平的基礎(chǔ)與臨床研究成果。獲教育部科技進(jìn)步一等獎、衛(wèi)生部科技進(jìn)步三等獎，省科技進(jìn)步一、二、三等獎十余項。

內(nèi)科學(xué)（消化系?。?/b> 2007年獲批教育部國家重點學(xué)科，2010年獲批衛(wèi)生部國家臨床重點?？?。本學(xué)科位居2018年度中國醫(yī)院科技量值排名第三。在消化系疾病的臨床診治、基礎(chǔ)和臨床研究均處于國內(nèi)先進(jìn)水平，所屬的消化內(nèi)鏡中心為衛(wèi)生部指定的全國培訓(xùn)基地。消化內(nèi)鏡、消化介入技術(shù)達(dá)國際先進(jìn)水平。