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1987年11月，華西醫(yī)科大學(xué)批準(zhǔn)我院成立臨床藥理研究所、糖尿病和胰島素研究室等15個(gè)研究所室。

1992年，我院糖尿病與胰島素實(shí)驗(yàn)室、病毒性肝炎實(shí)驗(yàn)室獲批華西醫(yī)科大學(xué)校級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

1995年，我院核醫(yī)學(xué)研究室和感染性疾病分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室獲批為四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；1998年，疾病基因組學(xué)與法醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室獲批為四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；1999年，腫瘤實(shí)驗(yàn)室獲批為四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

2018年9月由教育部正式批準(zhǔn)立項(xiàng)的，全國(guó)7個(gè)前沿科學(xué)中心之一。該中心依托四川大學(xué)華西醫(yī)院高質(zhì)量醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)，同時(shí)依托四川大學(xué)優(yōu)質(zhì)的人工智能研究技術(shù)儲(chǔ)備與人才隊(duì)伍，開(kāi)展基于臨床患者動(dòng)態(tài)診療數(shù)據(jù)與生物樣本與生物信息、結(jié)合先進(jìn)分析手段，重點(diǎn)開(kāi)展惡性腫瘤、老年退行性疾病、自身免疫疾病等重大疾病發(fā)生發(fā)展的分子網(wǎng)絡(luò)關(guān)系研究

2016年正式批準(zhǔn)成立，是西南唯一的國(guó)家級(jí)老年疾病臨床醫(yī)學(xué)研究平臺(tái)。中心依托四川大學(xué)華西醫(yī)院，以多學(xué)科交叉為基礎(chǔ)，立足于老年疾病防治前沿和社會(huì)重大需求，專(zhuān)注于抗衰老、衰弱與肌少癥、長(zhǎng)期照護(hù)、醫(yī)養(yǎng)結(jié)合的解決方案研究與推廣應(yīng)用，致力于提升老年醫(yī)學(xué)臨床研究和疾病診療技術(shù)水平。

2015年9月，我院申請(qǐng)的“轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施”正式獲得國(guó)家發(fā)展改革委批準(zhǔn)立項(xiàng)，這是國(guó)家“十二五”啟動(dòng)建設(shè)的五家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施之一，總投資約9億元。該設(shè)施重點(diǎn)建設(shè)生物制劑篩選、制備、臨床轉(zhuǎn)化驗(yàn)證及支撐技術(shù)四大研究平臺(tái)，構(gòu)建轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)到臨床、多學(xué)科交叉、上下游結(jié)合的“創(chuàng)新條件鏈”。實(shí)現(xiàn)工程化、模塊化、規(guī)模化、集成化、信息化與綜合集成。

2013年4月11日，由教育部、財(cái)政部聯(lián)合實(shí)施的 “2011計(jì)劃”公示了首批認(rèn)定名單，由我校牽頭，清華大學(xué)、南開(kāi)大學(xué)、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院/中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院聯(lián)合，魏于全院士領(lǐng)銜的生物治療協(xié)同創(chuàng)新中心獲批，成為2011計(jì)劃中唯一的生命科學(xué)類(lèi)項(xiàng)目。

1996年，在日本京都大學(xué)留學(xué)并獲博士學(xué)位的魏于全回到醫(yī)院，開(kāi)始創(chuàng)建人類(lèi)疾病生物治療研究室。2002年，人類(lèi)疾病生物治療研究室獲批成為第四批教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2005年，科技部批準(zhǔn)該實(shí)驗(yàn)室為“四川大學(xué)生物治療國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”；至此，我院實(shí)現(xiàn)了國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室“零的突破”。

“九五”期間，國(guó)家科委牽頭6部委聯(lián)合實(shí)施“1035工程”，即開(kāi)發(fā)10個(gè)一類(lèi)專(zhuān)利新藥，支持建立5個(gè)新藥篩選中心、5個(gè)藥物安全性評(píng)價(jià)中心、5個(gè)藥物臨床試驗(yàn)研究中心。 1999年，醫(yī)院申請(qǐng)建立中藥安全性評(píng)價(jià)中心，并引進(jìn)王莉開(kāi)始籌建。2000年，經(jīng)科技部批準(zhǔn)立項(xiàng)；該中心定位為我國(guó)專(zhuān)門(mén)從事新藥（中藥）毒理學(xué)與藥效學(xué)研究的國(guó)家級(jí)新藥臨床前試驗(yàn)研究中心，是我國(guó)“中藥現(xiàn)代化研究及產(chǎn)業(yè)化開(kāi)發(fā)”、“創(chuàng)新藥物與中藥現(xiàn)代化”等國(guó)家重大科技攻關(guān)計(jì)劃的重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目，也是國(guó)家中藥現(xiàn)代化科技產(chǎn)業(yè)七大研發(fā)中心之一。 2003年，中心通過(guò)了科技部驗(yàn)收，被評(píng)價(jià)為“國(guó)內(nèi)一流的新藥安全性評(píng)價(jià)中心”。2004年，通過(guò)了國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局（CFDA）的檢查評(píng)估，被授權(quán)準(zhǔn)予開(kāi)展藥物非臨床研究和試驗(yàn)；該中心被評(píng)審專(zhuān)家稱(chēng)為“申請(qǐng)最晚、投資最少、發(fā)展最快”的GLP。 2006年，中心通過(guò)美國(guó)NIH的OLAW（Office of Laboratory Animal Welfare）認(rèn)證。2007年，中心“一次性全面通過(guò)AAALAC檢查”。2014年，中心通過(guò)OECD（荷蘭） GLP認(rèn)證。同年，中心零缺陷通過(guò)CAP認(rèn)證。2017年中心首次接受并順利通過(guò)美國(guó)FDA檢查。

1983年，醫(yī)院成為我國(guó)首批藥品臨床研究基地。1998年，醫(yī)院成為中藥臨床藥理基地。至此，我院成為當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)集西藥和中藥臨床藥理基地于一體的兩家醫(yī)療機(jī)構(gòu)之一，研究包括西醫(yī)專(zhuān)業(yè)12個(gè)，中醫(yī)專(zhuān)業(yè)2個(gè)。 2004年，醫(yī)院在此基礎(chǔ)成立GCP中心，申報(bào)“十五”攻關(guān)課題“藥物創(chuàng)新與中藥現(xiàn)代化關(guān)鍵技術(shù)平臺(tái)建設(shè)”項(xiàng)目，獲批成為科技部重點(diǎn)支持的9家開(kāi)展藥物臨床試驗(yàn)的醫(yī)療機(jī)構(gòu)之一。 截至2019年，我院GCP中心是國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局（CFDA）認(rèn)證的規(guī)模最大、專(zhuān)業(yè)最為齊全的臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)之一，研究范圍涵蓋其批準(zhǔn)的23個(gè)藥物臨床試驗(yàn)專(zhuān)業(yè)，也是國(guó)家“腫瘤生物治療新藥臨床評(píng)價(jià)研究技術(shù)平臺(tái)”。承擔(dān)的所有臨床試驗(yàn)項(xiàng)目均一次性通過(guò)CFDA審評(píng)。